La peste est une vieille compagne de l’histoire locale. On la note en 1348, 1450, 1482-83, 1486, 1492, 1516, 1556-57. Le mal est endémique. En 1628, le bilan est terrible : 800 morts selon Pierre de Buisson, soit plus de la moitié de la population. Il n’est pas de famille épargnée.
Dans Sauveterre, la promiscuité tue : « Le venin était si pestiféré qu’il ne demeura de sain que six personnes, deux couples de mariés et deux femmes sans point d’enfants ». La fraternité des prêtres est décimée : « de vingt-cinq qui restèrent dans la ville, vingt-quatre moururent ». La coutellerie alors en sursis se trouve en 1630 réduite à cinq artisans. Les autres corporations, chapellerie, cordonnerie, sont durement touchées.
Il faudra plus d’une génération pour rendre à la cité une certaine stabilité démographique, mais la barre des mille habitants, dépassée au XVI° siècle, ne sera plus jamais atteinte.
A la peste succède la famine. C’est le cycle connu, suscité par le manque de bras, les terres non travaillées pendant l’épidémie, les conditions climatiques toujours défavorables. « L’an 1631, rapporte Pierre de Buisson, la plupart des pauvres étaient contraints de manger des racines, de la fougère, les orties et autres herbes sauvages… »
Les malheurs se poursuivirent : grande famine en 1635 et, pour finir, révolte des Croquants en 1643, motivée par le poids excessif de la fiscalité. Autour de Sauveterre, le peuple des campagnes se soulève en août 1643. Les villages voisins de Castelnau, Boussac, Colombiès, fournissent de forts contingents aux insurgés. Le 2 juin un millier de croquants entre dans Villefranche. En juillet, ils contraignent l’intendant à ramener les tailles à leur niveau de 1618 et exigent l’amnistie générale. Mais les chefs sont bientôt arrêtés par les troupes royales. Le 20 septembre, cinq mille croquants du Ségala assiègent à nouveau Villefranche. Devant le retour des troupes, les insurgés se dispersent. Le 8 octobre, les chefs emblématiques de la révolte sont roués vifs. La rébellion est matée, mais ses causes demeurent.
De l’état que livrent les consuls de 1670, on retient surtout, outre les « cent quatre vingt feux » dénombrés, le nombre important de « biens vacants » et de « maisons ruinées ».